新建的站房室内大量采用清水混凝土设计，每根梁柱顶部为弧形收分造型，梁柱交接处整体呈“开花”状结构，力图营造榕树意象，独木成林，郁郁葱葱。

主体站房采用中轴对称、刚毅方正的建筑形体，取中国传统四坡顶屋面，闽南传统建筑特有的“燕尾脊”形式及外廊元素综合为一体，端庄大气、精致儒雅，“植物纤维吸声喷涂施工技术”创造了怡人舒适的候车环境。

福州南站扩建的新站房的灯光、空调等采用国内最前沿的工程技术，助力旅客实现数字化、智能化出行。此外，站内空调安装了数百个温度、湿度传感器，可以根据现场温度、湿度调节温度。