2019年，蔡英文在竞选连任期间，其博士学位屡次被岛内媒体人彭文正等人质疑造假。之后，蔡英文向台北地检署提告。台北地检署表示，彭文正持续展示与事实不符的调查报告，刻意曲解蔡英文所提出的诸多事证，3月31日，以加重诽谤罪起诉彭文正。

岛内媒体人彭文正等人在2019年蔡英文竞选连任期间，质疑其博士论文造假，遭到蔡英文的控告。针对妨害名誉的部分，台北地检署认为，蔡英文已针对外界质疑提出事证反驳，彭文正仍不断质疑蔡英文的博士文凭为假，并未尽查证的义务，甚至意图散布于众，以增加节目阅读量和点击率，有加重诽谤与公然侮辱犯意。3月31日，台北地检署依加重诽谤罪将彭文正起诉。

台湾媒体人 彭文正：我们穷（尽）我们所有的能力，该找的（证据）我们也都找了，问题是检察官没有调阅证据，他开的庭从来没有进入证据调查，他就直接起诉。

彭文正表示，台教育部门以机密封存不让他查证，而英国伦敦政治经济学院等机构则拒绝他以个人的名义查证信息。不过面对起诉，彭文正认为是好事。

台湾媒体人 彭文正：这样子，我们才可以到地方法院，把证据摊在阳光下，进行公平的诉讼。

同样质疑蔡英文博士论文造假，但尚未遭到起诉的台湾大学法律系名誉教授贺德芬，1日召开记者会继续炮轰，她表示，她非常确信蔡英文没有博士口试论文，没有得到学位。

蔡英文"论文门"事件再惹争议，对此，岛内网友表示，"因为彭文正骂得最凶，激起蔡不计得失抓狂"、"棒打出头鸟的道理"、"我们支持彭文正追求真理的勇气"。